Le Javelin se distingue par son mode de fonctionnement. Il s'agit d'une part d'un missile "tire et oublie": le tireur sélectionne sa cible sur la CLU, qui transmet l'information à l'autodirecteur infrarouge passif du missile; une fois en vol, ce dernier suit les mouvements de la cible, pendant que le tireur et son aide-tireur peuvent fixer la CLU sur un autre tube ou prendre une position de rechange.
D'autre part, le Javelin suit une trajectoire courbe marquée: lancé à 18° d'inclinaison, il s'élève jusqu'à 150 m en mode "top attack", autrement dit en attaquant la cible de haut en bas, ou jusqu'à 50 m en mode "direct attack", par exemple contre un bunker, une position fortifiée ou un hélicoptère.
Cette flexibilité est encore accrue par sa capacité à être lancé depuis un milieu clos, même si sa distance de tir minimale est de 75 m. Enfin, l'effet au but est considérable, puisque le Javelin pénètre plus de 600 mm de blindage moderne, de sorte qu'en mode d'attaque verticale aucun char de combat actuel n'est en mesure de lui résister.