Oui, ils ont bossé par la suite sur d'autres trucs comme dernièrement sur le IXV.
http://www.dassault-aviation.com/fr/espace/
Dans la page sur le projet S3, on trouve ceci :
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Le projet S3 s’inscrit dans la volonté permanente de Dassault Aviation de demeurer un acteur majeur des grands défis aéronautiques, en préparant notamment l’avenir du transport aérospatial. Il s’inscrit aussi dans la continuité des activités de notre société. De nombreuses études d’engins spatiaux et de lanceurs réutilisables ont été réalisées par nos bureaux d’études depuis le début des années 1960. L’héritage de l’avion orbital Hermes (83-93) nous a notamment permis de fortement progresser dans les technologies clés du domaine spatial et d’être ainsi choisis pour travailler avec la NASA sur le programme X-38 (1995-2002), projet de véhicule destiné au retour d’urgence des astronautes de l’ISS. Dassault Aviation s’est également beaucoup intéressé aux systèmes de lancement aéroportés, à travers des solutions utilisant le Rafale comme porteur de micro lanceurs, ou recourant à de plus grosses plates-formes (Airbus A300) avec le concept VEHRA (Véhicule Hypersonique Réutilisable Aéroporté) dont le projet S3 est directement issu.
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http://www.dassault-aviation.com/fr/dassault-aviation/presse/press-kits/dassault-aviation-et-le-projet-s3/