Coronavirus - Covid 19

[NUBEALTIUS]

"Une mutation du coronavirus aurait accéléré l’épidémie" : http://www.lefigaro.fr/sciences/une-mutation-du-coronavirus-aurait-accelere-l-epidemie-20200617

DÉCRYPTAGE - Une modification génétique identifiée début mars aurait grandement renforcé son pouvoir infectieux.

Une seule mutation, sur les 30.000 bases composant le génome du coronavirus apparu en Chine fin 2019, aurait suffi à changer le visage de l’épidémie. Cette hypothèse n’est pas nouvelle: elle date de la fin avril. Bette Korber, du Los Alamos National Laboratory, au Nouveau-Mexique, affirmait alors qu’une souche portant une mutation appelée S-D614G semblait prendre le pas sur les autres lorsqu’elle entrait en compétition sur un territoire donné. Cette analyse avait alors été critiquée pour son manque de solidité statistique: le hasard pouvait suffire à lui seul à expliquer le «succès», bien réel, de cette souche par rapport aux autres.

Des études in vitro menées au Scripps Research Department of Immunology and Microbiology de Floride viennent toutefois appuyer cette théorie aujourd’hui. Lorsqu’ils étaient dotés de cette mutation spécifique, les virus-modèles utilisés par les chercheurs infectaient plus facilement les cellules humaines en laboratoire. Les résultats de ces travaux ont été publiés en fin de semaine dernière sur la plateforme de prépublication en ligne bioRxiv

.Revenons un instant sur cette mutation identifiée début mars en Europe, au Mexique, au Brésil et en Chine, à Wuhan. Elle modifie la structure d’une molécule clé du virus, la protéine S, ou spicule. Ces molécules forment les pics qui hérissent la surface du coronavirus et lui servent à pénétrer dans les cellules de l’organisme infecté. C’est d’ailleurs ce qui explique le nom de cette mutation, S-D614G: une glycine (G, l’un des acides aminés constituant les protéines) a remplacé un acide aspartique (D, un autre acide aminé) sur le codon 614 de la protéine S.

Un changement lourd de conséquences

Il n’était pas absurde de penser qu’un changement à cet endroit du virus soit lourd de conséquences. Mais les premières analyses in silico (modélisations permettant d’étudier de la nouvelle protéine sur ordinateur) n’avaient rien mis de concluant en évidence. Cette modification du spicule ne semblait pas avoir d’effet sur sa géométrie ou sa fonctionnalité, accréditant l’hypothèse d’une mutation sans grand intérêt favorisée par le hasard plutôt que par l’avantage évolutif qu’elle conférerait.

Les choses ont toutefois changé «à la paillasse», quand cette mutation a été étudiée à la surface de virus-modèles, sans danger pour l’homme, par les chercheurs du Scripps Research. «Le nombre, ou la densité, de spicules fonctionnels à la surface du virus est quatre à cinq fois plus important avec cette mutation», assure Hyeryun Choe, auteur référent de l’étude.

Si cela avait échappé aux biologistes, c’est que le rôle de la mutation est assez subtil. «La protéine S est en fait composée de deux morceaux, S1 et S2, qui ont chacun un rôle: S1 porte la clé à insérer dans la serrure de la cellule pour s’y fixer, avant que S2 ne permette à la membrane du virus de fusionner avec celle de la cellule pour permettre au matériel génétique du premier de rentrer dans la seconde», explique Étienne Decroly, directeur de recherche CNRS au laboratoire Architecture et fonction des macromolécules biologiques à Marseille. Pour que le virus devienne actif, il faut qu’une enzyme vienne couper la protéine S pour séparer S1 et S2 et les rendre fonctionnelles, sans pour autant qu’elles se détachent complètement l’une de l’autre. C’est là que la mutation intervient: elle semble rendre plus «solide» le fil ténu qui relie S1 et S2 après action de cette enzyme découpeuse. En somme, la mutation «stabilise» le virus dans sa forme la plus efficace

Cela expliquerait pourquoi la souche s’est répandue comme une traînée de poudre. La mutation, absente en février de la base de données GenBank qui recense toutes les séquences publiques de nucléotides, est présente dans 70 % des échantillons mis en ligne en mai! C’est cette souche qui a massivement circulé dans le nord de l’Italie, mais aussi en France (où elle représenterait plus de 90 % des infections selon les travaux de l’Institut Pasteur), puis aux États-Unis.

Une deuxième question se pose désormais: cette mutation a-t-elle rendu le virus plus «agressif»? Les équipes de Los Alamos le pensaient, car ils observaient une charge virale plus importante chez les patients infectés par cette souche. Cela reste toutefois hautement spéculatif à ce jour.

[Julien]

il y a 18 minutes, NUBEALTIUS a dit :

"Une mutation du coronavirus aurait accéléré l’épidémie" : http://www.lefigaro.fr/sciences/une-mutation-du-coronavirus-aurait-accelere-l-epidemie-20200617

DÉCRYPTAGE - Une modification génétique identifiée début mars aurait grandement renforcé son pouvoir infectieux.

Une seule mutation, sur les 30.000 bases composant le génome du coronavirus apparu en Chine fin 2019, aurait suffi à changer le visage de l’épidémie. Cette hypothèse n’est pas nouvelle: elle date de la fin avril. Bette Korber, du Los Alamos National Laboratory, au Nouveau-Mexique, affirmait alors qu’une souche portant une mutation appelée S-D614G semblait prendre le pas sur les autres lorsqu’elle entrait en compétition sur un territoire donné. Cette analyse avait alors été critiquée pour son manque de solidité statistique: le hasard pouvait suffire à lui seul à expliquer le «succès», bien réel, de cette souche par rapport aux autres.

Des études in vitro menées au Scripps Research Department of Immunology and Microbiology de Floride viennent toutefois appuyer cette théorie aujourd’hui. Lorsqu’ils étaient dotés de cette mutation spécifique, les virus-modèles utilisés par les chercheurs infectaient plus facilement les cellules humaines en laboratoire. Les résultats de ces travaux ont été publiés en fin de semaine dernière sur la plateforme de prépublication en ligne bioRxiv

.Revenons un instant sur cette mutation identifiée début mars en Europe, au Mexique, au Brésil et en Chine, à Wuhan. Elle modifie la structure d’une molécule clé du virus, la protéine S, ou spicule. Ces molécules forment les pics qui hérissent la surface du coronavirus et lui servent à pénétrer dans les cellules de l’organisme infecté. C’est d’ailleurs ce qui explique le nom de cette mutation, S-D614G: une glycine (G, l’un des acides aminés constituant les protéines) a remplacé un acide aspartique (D, un autre acide aminé) sur le codon 614 de la protéine S.

Un changement lourd de conséquences

Il n’était pas absurde de penser qu’un changement à cet endroit du virus soit lourd de conséquences. Mais les premières analyses in silico (modélisations permettant d’étudier de la nouvelle protéine sur ordinateur) n’avaient rien mis de concluant en évidence. Cette modification du spicule ne semblait pas avoir d’effet sur sa géométrie ou sa fonctionnalité, accréditant l’hypothèse d’une mutation sans grand intérêt favorisée par le hasard plutôt que par l’avantage évolutif qu’elle conférerait.

Les choses ont toutefois changé «à la paillasse», quand cette mutation a été étudiée à la surface de virus-modèles, sans danger pour l’homme, par les chercheurs du Scripps Research. «Le nombre, ou la densité, de spicules fonctionnels à la surface du virus est quatre à cinq fois plus important avec cette mutation», assure Hyeryun Choe, auteur référent de l’étude.

Si cela avait échappé aux biologistes, c’est que le rôle de la mutation est assez subtil. «La protéine S est en fait composée de deux morceaux, S1 et S2, qui ont chacun un rôle: S1 porte la clé à insérer dans la serrure de la cellule pour s’y fixer, avant que S2 ne permette à la membrane du virus de fusionner avec celle de la cellule pour permettre au matériel génétique du premier de rentrer dans la seconde», explique Étienne Decroly, directeur de recherche CNRS au laboratoire Architecture et fonction des macromolécules biologiques à Marseille. Pour que le virus devienne actif, il faut qu’une enzyme vienne couper la protéine S pour séparer S1 et S2 et les rendre fonctionnelles, sans pour autant qu’elles se détachent complètement l’une de l’autre. C’est là que la mutation intervient: elle semble rendre plus «solide» le fil ténu qui relie S1 et S2 après action de cette enzyme découpeuse. En somme, la mutation «stabilise» le virus dans sa forme la plus efficace

Cela expliquerait pourquoi la souche s’est répandue comme une traînée de poudre. La mutation, absente en février de la base de données GenBank qui recense toutes les séquences publiques de nucléotides, est présente dans 70 % des échantillons mis en ligne en mai! C’est cette souche qui a massivement circulé dans le nord de l’Italie, mais aussi en France (où elle représenterait plus de 90 % des infections selon les travaux de l’Institut Pasteur), puis aux États-Unis.

Une deuxième question se pose désormais: cette mutation a-t-elle rendu le virus plus «agressif»? Les équipes de Los Alamos le pensaient, car ils observaient une charge virale plus importante chez les patients infectés par cette souche. Cela reste toutefois hautement spéculatif à ce jour.

Je serais curieux de savoir si cette souche est la souche prévalente dans les autres pays d'Europe non cités dans l'article (genre Allemagne, UK, etc...)

[NUBEALTIUS]

"Coronavirus : la Suède dépasse les 5000 morts, son consensus national s'effrite" : http://www.lefigaro.fr/international/coronavirus-la-suede-depasse-les-5000-morts-son-consensus-national-s-effrite-20200617

"Coronavirus: l'OMS va mettre à jour ses recommandations pour inclure la dexaméthasone" : http://www.lefigaro.fr/flash-actu/coronavirus-l-oms-va-mettre-a-jour-ses-recommandations-pour-inclure-la-dexamethasone-20200617

[Delbareth]

Le 16/06/2020 à 22:35, Boule75 a dit :

Quelques graphiques moches en provenance des USA :

P.S. : pour que les tweets s'intègrent automatiquement, il faut activer le javascript de Cloudflare. Grounph.

Ces états peuvent aussi tous être regardés sur le site de Johns Hopkins University (que tout le monde connait ici je pense) :

https://www.arcgis.com/apps/opsdashboard/index.html#/bda7594740fd40299423467b48e9ecf6

Dans le panel des pays à gauche, il y a plusieurs onglet. L'onglet "Admin 0" découpe par pays, l'onglet "Admin 1" par région du pays sélectionné dans "Admin 0".

Et quand on sélectionne un état US, en bas à droite, la courbe se met à jour pour cet état spécifiquement. Il suffit de passer en revue les différents états pour voir que les US n'ont pas les c... sorties des ronces.

[Boule75]

Et l'OMS cessa tout essai à base d'hydroxichloroquine...

[Alexis]

Le 16/06/2020 à 22:35, Boule75 a dit :

Quelques graphiques moches en provenance des USA :

red states that rushed to reopen would see a spike in Covid-19 cases

Tout à fait.

C'est juste dommage que Paul Krugman ait ajouté un biais partisan à cette remarque, en ne parlant que des "Etats républicains" qui ont ce problème.

Parce que l'Etat de Washington, qui est orienté démocrate, est lui aussi mal orienté 

Quant à la Californie, ça se passe carrément mal, et eux aussi sont très démocrates.

 

Il y a 23 heures, Rufus Shinra a dit :

Qui aura disparu un jour par miracle.

Après avoir fait moins de morts que les accidents de trottinette.

N'oublie pas de le dire, tout de même !  

[loki]

Le 17/6/2020 à 15:34, g4lly a dit :

Suède

• Nouveaux cas ... ca dérape ... avec des pics à 2214 ces derniers jour ... on est tres au dessus des 700 habituels depuis 15 jours.
• Décès ... ça s'améliore même si c'est toujours très très 
•  
•  

L'augmentation du nombre de cas en Suède semble en partie liée à une modification de la stratégie de contrôle : les suédois ont augmenté le nombre de tests par semaine et mécaniquement ça augmente le nombre de cas détectés

[Rivelo]

Le virus détecté en Italie dans des échantillons d'eaux usées à Milan et Turin dès le 18 Décembre 2019 (https://www.lesechos.fr/monde/enjeux-internationaux/en-direct-le-19-juin-coronavirus-le-point-sur-la-situation-en-france-et-dans-le-monde-1216640).

Quote

Le nouveau coronavirus était présent dans les eaux usées de Milan et Turin, dans le nord de l'Italie, dès décembre 2019, deux mois avant le premier malade officiellement recensé dans le pays, indique une étude de l'Institut supérieur de la santé (ISS) italien.

« L'étude a examiné 40 échantillons d'eaux usées recueillis entre octobre 2019 et février 2020. Les résultats, confirmés par deux laboratoires différents avec deux méthodes différentes, ont confirmé la présence du RNA (acide ribonucléique, élément essentiel d'un virus, ndlr) du SARS-Cov-2 dans les échantillons prélevés à Milan et Turin le 18/12/2019 », explique un communiqué, l'ISS, institut public de référence.

Je trouve ça incroyable ! Quelle performance technologique (les traces d'ARN virales sont diluées dans des proportions incroyables dans ces échantillons) !

Il y a actuellement des discussions pour créer au niveau Européen un réseau de surveillance des épidémies en généralisant ce genre d'approche.

[Wallaby]

https://www.lemonde.fr/idees/article/2020/06/18/la-medecine-fondee-sur-les-preuves-ne-peut-etre-reduite-aux-essais-randomises_6043319_3232.html (18 juin 2020)

Dans les circonstances de la maladie Covid-19, il est difficile de proposer un placebo à des patients en danger, comme l’exigent les études fondées exclusivement sur la randomisation (tirage au sort), estiment l’épidémiologiste Gilles Chatellier et le rhumatologue Gilles Hayem, en réplique à une précédente tribune au « Monde ».

[Wallaby]

https://www.theguardian.com/world/2020/jun/19/anxiety-in-beijing-as-officials-battle-new-coronavirus-outbreak (19 juin 2020)

Vendredi, Pékin a publié le génome du virus, concluant qu'il s'agissait apparemment d'une souche européenne. "Le virus vient d'Europe, mais il est différent du virus qui se propage actuellement en Europe", a déclaré Zhang Yong, un fonctionnaire du CDC. "Il est plus ancien que le virus qui se propage actuellement en Europe".

[herciv]

Le ministre vient de communiquer au ARS que les hôpitaux devait être prêt pour une reprise du COVID début octobre.

[Julien]

il y a 3 minutes, herciv a dit :

Le ministre vient de communiquer au ARS que les hôpitaux devait être prêt pour une reprise du COVID début octobre.

Tu as un lien/source ?

[herciv]

il y a 2 minutes, Julien a dit :

Tu as un lien/source ?

Ma femme qui travaille à l'ARS.

Modifié le 19 juin 2020 par herciv

[Julien]

il y a 1 minute, herciv a dit :

Ma femme.

Une source sûre donc car les femmes ont toujours raison :)

[herciv]

il y a 5 minutes, Julien a dit :

Une source sûre donc car les femmes ont toujours raison :)

Oui mais là c'est pas elle qui a raison mais son directeur.

[Rufus Shinra]

On a trouvé la raison de la recrudescence en Floride !

https://nypost.com/2020/06/19/desantis-blames-covid-spike-on-overwhelmingly-hispanic-laborers/

[herciv]

il y a 3 minutes, Rufus Shinra a dit :

On a trouvé la raison de la recrudescence en Floride !

https://nypost.com/2020/06/19/desantis-blames-covid-spike-on-overwhelmingly-hispanic-laborers/

Te moque pas parce qu'il y a un cluster à ARLES qui vient de saisonniers espagnols. Le cluster s'est en plus répandu dans une communauté d'amériques du Sud . Le cluster en question est difficile à maitriser, puisque par nature dans ce type de boulot les gens sont très mobile.

Modifié le 19 juin 2020 par herciv

[NUBEALTIUS]

"Coronavirus : Didier Raoult se contredit et évoque désormais une deuxième vague épidémique" : http://www.lefigaro.fr/flash-actu/coronavirus-didier-raoult-se-contredit-et-evoque-desormais-une-deuxieme-vague-epidemique-20200619

 

"Coronavirus: bilan revu en hausse en Espagne à plus de 28.300 morts" : http://www.lefigaro.fr/flash-actu/coronavirus-bilan-revu-en-hausse-en-espagne-a-plus-de-28-300-morts-20200619

[Fanch]

il y a 17 minutes, NUBEALTIUS a dit :

"Coronavirus : Didier Raoult se contredit et évoque désormais une deuxième vague épidémique" : http://www.lefigaro.fr/flash-actu/coronavirus-didier-raoult-se-contredit-et-evoque-desormais-une-deuxieme-vague-epidemique-20200619

Il y a encore des gens pour l'interviewer lui ?

[NUBEALTIUS]

"Coronavirus : 14 décès en 24 heures, la situation se dégrade en Normandie" : http://www.lefigaro.fr/sciences/coronavirus-14-morts-en-24h-la-situation-se-degrade-en-normandie-20200619

[rendbo]

Il y a 1 heure, Fanch a dit :

Il y a encore des gens pour l'interviewer lui ?

LEs articles étant généralement ouverts aux commentaires, il a un groupe de fan très actifs... ou de gens peu informés ayant besoin d'un gourou anti système.

[NUBEALTIUS]

https://www.lepoint.fr/monde/les-etats-unis-se-retrouvent-avec-un-immense-stock-de-chloroquine-sur-les-bras-18-06-2020-2380724_24.php

[Wallaby]

S'il faut se moquer des gens qui stockent des médicaments par précaution, alors il faut aussi se moquer de Roselyne Bachelot avec ses vaccins, et de tous les gens qui stockent... des masques.

Je croyais qu'on avait retenu la leçon, à savoir qu'il vaut mieux être trop précautionneux que pas assez, quitte à se retrouver avec des stocks de produits non utilisés.

[Bocket]

Situation critique en Guyane (211 cas de plus hier, 204 avant hier,  prés de 2000 cas au total) essentiellement sur la presqu 'ile Cayenne et Kourou (6 cas au Cnes).

Couve feu sur Cayenne de samedi 15h à Lundi 5h (info sur guyaweb). Sur Mayotte la situation semble stabilisée (+11 cas hier)

https://www.francetvinfo.fr/sante/maladie/coronavirus/covid-19-situation-preoccupante-en-guyane_4014687.html

[NUBEALTIUS]

il y a une heure, Wallaby a dit :

S'il faut se moquer des gens qui stockent des médicaments par précaution, alors il faut aussi se moquer de Roselyne Bachelot avec ses vaccins, et de tous les gens qui stockent... des masques.

Je croyais qu'on avait retenu la leçon, à savoir qu'il vaut mieux être trop précautionneux que pas assez, quitte à se retrouver avec des stocks de produits non utilisés.

On est d'accord sur le principe, mais là c'est un peu comme si tu avais fait un stock de "placebo"